老總入獄了追討薪水可以申請勞動仲裁或是提到民事案件。老總盡管入獄了，可是其欠付的薪水并不因入獄而免去，員工可以遞交相關的直接證據申請勞動仲裁，拒不執行仲裁結果的，可以提到民事案件，轉換為商家的個人債務糾紛，申訴成功后可依據民事判決結果申請強制執行戶下資產。

《勞動合同法》第八十五條：公司單位有下述情況之一的，由工作行政機關勒令期限付款勞務報酬、加班工資或是經濟補償金；勞務報酬小于本地最低工資的，理應付款其差值一部分；貸款逾期不付款的，勒令公司單位按應收額度百分之五十以上百分之一百下列的規范向員工加付賠償費：

（一）未依照勞動合同書的承諾或是國家規定立即全額付款員工勞務報酬的；

（二）小于本地最低工資付款員工薪水的；

（三）分配加班加點不付款加班工資的；

（四）消除或是勞動合同解除，未按照本政策法規定項員工付款經濟補償金的。